Sein Noviziat im Kloster Schwarzenberg begann Bauer 1980, die Ewige Profess legte er 1984 in Würzburg ab. Theologie studierte er in Würzburg. 1987 weihte ihn der Würzburger Bischof Dr. Paul-Werner Scheele zum Diakon, die Priesterweihe erhielt der Franziskanerminorit am 7. Mai 1988 im Kloster Schwarzenberg. Als Kaplan war Bauer bis 1994 in Kaiserslautern eingesetzt. Seit 1994 lebt und wirkt er in Würzburg. Von September 1994 bis 1996 war er Seelsorger an der Justizvollzugsanstalt Würzburg. Seit 1995 fungiert er als Präses der Würzburger Bruderschaft zum Heiligen Kreuz und begleitet die Würzburger Pilgerschar jährlich zum Kreuzberg und wieder zurück nach Würzburg. Von 1995 bis Januar 2000 war Bauer Leiter des Juniorats im Würzburger Kloster. Von 2000 bis 2003 hatte er zudem die Aufgabe des Provinzsekretärs inne. Von März 2000 bis August 2006 war Bauer auch Guardian des Konvents in Würzburg. Im September 2006 wurde er 2. katholischer Klinikpfarrer, im Februar 2011 wurde er 1. katholischer Klinikpfarrer an der Uniklinik Würzburg.
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